尚书省分六部，其最高长官为尚书令（正二品），副长官为侍郎（从二品），其下六部尚书为正三品，六部副长官仍称侍郎（从三品），以下分司（曹），正副长官分别为从五品、从六品（即当今司局级）。

六部尚书：

自魏晋起至隋唐时期发展健全，封建王朝的中央政权机构都设“吏、户、兵、刑、工”六部。官阶为正二品。
其分工为：
吏部：又称天官，掌管全国文职官吏的任免、考课、升降、调动、封勋等事务；
户部：掌管全国土地、户籍、赋税、货币、官员俸禄、财政收支等事务；
礼部：掌管国家的典章制度、祭礼、学校、科举和外事活动等；
兵部：掌管全国武官选用和兵籍、军械、军令、驿站等事物；

刑部：掌管国家的法律、刑狱等事物；
工部：掌管各项工程、工匠、屯田、水利、交通等政令。

各部的长官称“尚书”，副长官称“侍郎”。

吏部、户部、礼部、兵部、刑部及工部
吏部 吏部为管理文职官员的机关，掌品秩铨选之制，考课黜陟之方，封授策赏之典，定籍终制之法。吏部下设四司：明清为文选清吏司、验封司、稽勋司和考功司。文选清吏司掌考文职之品级及开列、考授、拣选、升调、办理月选。验封司掌封爵、世职、恩荫、难荫、请封、捐封等事务。稽勋司掌文职官员守制、终养、办理官员之出继、入籍、复名复姓等事。考功司掌文职官之处分及议叙，办理京察、大计。

户部 户部掌全国疆土、田地、户籍、赋税、俸饷及一切财政事宜。其内部办理政务按地区分工而设司，明十三司：河南、山东、山西、陕西、浙江、江西、湖广、广东、广西、四川、福建、云南、贵州。清增江南司，为十四司。各司除掌核本省钱粮外，亦兼管其他衙门的部分庶务，职责多有交叉。除以上各司外，清还设有掌管八旗事务的八旗俸饷处及现审处。隶於户部的机构有:掌铸钱的钱法堂及宝泉局；掌库藏的户部三库；掌仓储及漕务的仓场衙门。

礼部 礼部掌典礼事务与学校、科举之事。考吉、嘉、军、宾、凶五礼之用；管理全国学校事务及科举考试及藩属和外国之往来事。礼部下设四司，明清皆为：仪制清吏司，掌嘉礼、军礼及管理学务、科举考试事；祠祭清吏司，掌吉礼、凶礼事务；主客清吏司，掌宾礼及接待外宾事务；精膳清吏司，掌筵飨廪饩牲牢事务。四司之外，清设有铸印局，掌铸造皇帝宝印及内外官员印信。会同四译馆，掌接待各藩属、外国贡使及翻译等事。

兵部 明职掌全国军卫、武官选授、简练之政令。清职掌全国绿营兵籍及武职官员的机构。职掌内外武职官员的除授、封荫之典，乘载、邮传之制，甄核、简练之方，士籍、军实之数。兵部下设四司：武选清吏司，考核武职官员的品级与选补、升调、承袭、封赠诸事，并管理土司；车驾清吏司，掌全国马政及驿传等事；职方清吏司，掌武职官员的叙功、核过、抚恤、军旅之简阅、考察、巡防等事，并管理关禁与海禁；武库清吏司，掌全国之兵籍、军器并武科考试之事。此外，清设稽俸厅，掌稽察武职官俸；会同馆，管理京师驿传事务；捷报处，掌递送文书。

刑部 刑部为主管全国刑罚政令及审核刑名的机构，与督察院管稽察、大理寺掌重大案件的最后审理和复核，共为“三法司制”。刑部的具体职掌是：审定各种法律，复核各地送部的刑名案件，会同九卿审理“监候”的死刑、案件以及直接审理京畿地区的待罪以上案件。刑部的内部组织机构的设置是按省设司，明为十三司，名称与户部诸司同。清增加直隶、奉天、江苏、安徽四司，为十七司。清刑部各司除分核本省刑名外，职掌他省及衙门的部分文书收发和某些日常政务。此外，清设督捕司，掌督捕旗人逃亡事；秋审处，掌核秋审、朝审各案；减等处，掌汇核各省及现审各案之遇赦减等事；提牢厅，掌管狱卒，稽察南北所监狱的罪犯，发放囚衣、囚粮及药物等；赃罚库，掌收放现审案内赃款及没收各物件，并保管本部现银及堂印；赎罚处，掌罚罪事；律例馆，掌修订法律。

工部 工部为管理全国工程事务的机关。职掌土木兴建之制，器物利用之式，渠堰疏降之法，陵寝供亿之典。凡全国之土木、水利工程，机器制造工程(包括军器、军火、军用器物等)，矿冶、纺织等官办工业无不综理，并主管一部分金融货币和统一度量衡。明清工部下设四司：营缮清吏司，掌宫室官衙营造修缮；虞衡清吏司，掌制造、收发各种官用器物，主管度量衡及铸钱；都水清吏司，掌估销工程费用，主管制造诏册、官书等事；屯田清吏司，掌陵寝修缮及核销费用，支领物料及部分税收。除四司外，清设有制造库，掌制造皇帝车驾、册箱、宝箱、仪仗、祭器等；节慎库，掌收发经费款项；料估所，掌估工料之数及稽核、供销京城各坛庙、宫殿、城垣、各部院衙署等工程。

尚书省分六部，是指“吏部，管官吏任免、考核、升降等事；户部，管土地户口、赋税财政等事；礼部，管典礼、科学、学校等事；兵部，管军事；刑部，管司法刑狱；工部，管工程营造、屯田水利等事”。各部长官为尚书，副职为侍郎。下设郎中，副职称员外郎，下属官员有主事等。
六部，其最高长官为尚书令（正二品,今国务院总理），副长官为侍郎（从二品，今副总理），其下六部尚书为正三品，今正省部级，六部副长官仍称侍郎（从三品，今副省部级），以下分司（曹），正副长官分别为从五品、从六品（即当今司局级）。

宰相——国务院总理
大将军——军委主席
兵部尚书——国防部长
吏部尚书——中组部部长
礼部尚书——外交部部长
户部尚书——财政部长

工部尚书——建设部长
刑部尚书——司法部长
左都御史——监察部长
大理寺卿——司法部长
国子监祭酒——中央党校校长
鸿卢寺卿——钓鱼台国宾馆党委书记

内务府总管——中共中央书记处书记
宗人府总管——国务院办公厅主任
顺天府尹——北京第一人民检查检查长
大学士——政治局常委
军机处军机——中央军委委员
上驷院总管——交通部长

督察院总管——第一法官
总督——省委书记
巡抚——省长
总兵－－军区司令员
九门提督——北京市公安局长

部长级

兵部尚书相当于国防部长
吏部尚书相当于中组部部长
礼部尚书相当于外交部部长
户部尚书相当于财政部长
工部尚书相当于建设部长
刑部尚书相当于司法部长

吏部尚书就是现在的中央组织部长
户部尚书就是现在的财政部长兼公安部户籍管理司司长兼国务院预算编制委员会主任兼中国人民银行国库管理者
礼部尚书就是现在的中央宣传部长兼外交部礼仪司司长兼教育部教材编制委员会主任兼中央人民出版社社长
兵部尚书就是现在的国防部长兼国家动员委员会主任兼国防科工委领导者兼中国人民武装警察部队司令兼公安部部长
刑部尚书就是现在的最高人民法院院长兼最高人民检察院检察长兼司法部部长兼法律解释委员会负责人兼保卫宪法委员会主任
工部尚书就是现在的建设部长兼国有资产管理委员会主任兼国家发改委主任