复旦大学历来十分重视研究生教育，始终把发展研究生教育，提升研究生教育的质量和水平，视为加快建设世界一流大学的关键。在中国研究生教育史上，复旦大学曾实现过三个“率先”。1923年，从金陵大学毕业的文学学士蔡乐生，进入复旦大学心理学院攻读硕士学位研究生，标志着复旦大学研究生教育的开始，这在国人所办的高等学校中是首开先河的。新中国成立的1949年，复旦大学率先在全国公开招收研究生，从1949年10月至1965年12月共计招收、培养研究生651人。1977年10月，在苏步青的建议下，教育部批准复旦大学在全国最早恢复研究生教育，并公开面向全国招收研究生。1984年，复旦大学和上海医科大学成为全国首批建立研究生院的高校。

复旦大学是我国研究生培养的一个重要基地。经过国家历次学位授权审核工作，学校已建立起包含哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、医学、管理学、艺术学等11个学科门类在内的完善研究生培养和学位授权体系。截止目前，全校研究生教育共涉及44个一级学科，其中博士学位授权一级学科点37个、仅硕士学位授权的一级学科点6个、仅有硕士学位授权的二级学科点1个；培养专业学位研究生涉及博士专业学位授权点4个、硕士专业学位授权点32个，基本形成较为齐全的研究生教育学科专业和学位授权体系。

近年来，学校不断加强研究生教育综合改革，各类研究生结构、比例更加优化，研究生招生、培养和学位授予质量持续提升。自1978年恢复研究生教育至2019年1月，全校已累计授予研究生学位人数共计102465人，其中授予博士学位19716人（含学术学位17733人，专业学位1983人）；授予硕士学位82749人（含学术学位40332人，专业学位42417人）。

学校始终以“提高研究生培养质量”为核心，不断调整和完善高层次专门人才的成才机制，努力营造浓厚的学术氛围，激发研究生的科研创新能力，研究生成为学校科研生力军的势头日益显现。在校研究生在Science、Nature等国际顶级期刊上发表论文的数量稳步提升，表现出巨大的科研潜力。根据统计，2017年度复旦大学主导发表的SCI、SSCI、AHCI、EI四类论文中，研究生参与发表论文数量占70%，主导发表论文数量占56%。在1999年至2013年连续15届的全国百篇优秀博士学位论文评选活动中，复旦大学共获得全国优秀博士学位论文58篇，在全国高校中位列第三，并累计有78篇博士学位论文获得全国优秀博士学位论文提名。

学校建成了一支高水平的研究生师资队伍。截止2019年4月，全校共有研究生导师3913人（不含校外兼职导师），其中博士生导师1972人，硕士生导师1941人；另有校外兼职博士生导师150人，校外兼职硕士生导师992人。

学校积极推进研究生教育国际化，与全球40多个国家和地区，超过270所大学和科研教育机构，签署了400多份交流协议，与世界范围内一大批有影响力的高水平大学和学术科研机构建立了研究生教育交流和合作关系。

高质量的研究生也赢得了就业市场的肯定。复旦大学毕业研究生以其深厚的知识素养、出色的实践能力和积极的创新精神，受到用人单位的广泛赞誉。据2018年9月发布的“2019年QS世界大学就业竞争力排名”，复旦大学毕业生就业竞争力位列全球第26位，在进入全球排名前100的5所中国大学中位居第三。

复旦大学研究生院负责总体规划、统筹管理全校的学位与研究生教育工作。各院系和科研单位是实施研究生教育的主体机构。