Otra importante función del epidídimo es el almacenamiento de los espermatozoides maduros. De hecho, algunos investigadores proponen que esta función es tan importante (o más) que la función de maduración. Los espermatozoides, que han ido madurando a lo largo de su viaje por las diferentes partes del epidídimo llegan a la parte final parcialmente maduros.

Allí, en la cola del epidídimo, los espermatozoides se pueden almacenar por un periodo de tiempo variable, que suele ser de unos dos o tres días, pero que depende en gran medida de la frecuencia de la actividad sexual de cada individuo. Cuando se produce su expulsión al exterior, los espermatozoides almacenados en la cola del epidídimo son "succionados" por el movimiento peristáltico de los conductos deferentes, que tienen unas paredes ricas en células musculares lisas que se contraen con bastante fuerza.

Durante todo el recorrido de los espermatozoides, desde que se sintetizan hasta su salida por la uretra, estos carecen de motilidad. No es hasta que se produce su expulsión al exterior cuando los espermatozoides son móviles. Esto se debe a las características del ambiente intraluminal que se crea en todos los conductos, que hace que aunque los espermatozoides sean maduros y posean una cola y aparato de locomoción totalmente formado, no se muevan por sí mismos.