Históricamente la actual bahía era conocida en el siglo XIX por las embarcaciones europeas que recalaban en su puerto para cargar las bodegas de aceite de foca.
Ya en el año 1823, el entonces gobernador Martín Rodríguez, tuvo el propósito de generar una nueva ciudad en esta zona a la que se llamaría Fortaleza Protectora Argentina.

En 1828 tenía las características de un verdadero fuerte que servía para proteger el ganado que era codiciado por los indígenas y defender la costa de la visita de la flota de Brasil.
En el año 1833 este fuerte sería visitado por Charles Darwin en su viaje por América del Sur.

Atacado varias veces, pero tal vez el más cruento ataque se llevó a cabo en el año 1859 cuando 3000 aborígenes, al mando del cacique Calfucurá, destrozaron el lugar.

En el año 1856 se funda la Colonia Nueva Roma, primer emplazamiento realizado en la región con un grupo de inmigrantes europeos y familias, desafuando a los grupos de malones que asolaban la zona aledaña al fuerte.

Al ser derrotados en la campaña del desierto, los indígenas fueron desalojados definitivamente de la región y esto abrió las puertas masivamente a los inmigrantes que arribaron de Europa; siendo el verdadero despegue económico de Bahía Blanca.

En el año 1884 arriba el Ferrocarril Sud y en 1922 el Ferrocarril Rosario llega a Puerto Belgrano, lo que inicia un proceso de gran progreso para toda la región, resultando en la habilitación de un puerto de aguas profundas para la salida de los productos de la agricultura y la ganadería.